Otro problema solucionado y quiero compartir la solución aquí.
Uso habitualmente el VirtualBox, y hace cosa de un tiempo que al iniciarlo, sorpresa se había vuelto transparente, sin saber el motivo de dicho comportamiento.
San Google me ha ayudado ha encontrar una solución.
En principio solamente encontraba soluciones del tipo desconecta Compiz, que es el causante, o bien desactiva las ventanas transparentes del Compiz, pero nada de esto surtía efecto.
Otras soluciones apuntaban al culpable Cairo-Dock, que he instalado últimamente en sustitución a AWN, también daban como solución la desinstalación del mismo.
Pero no quiero renunciar a nada de ello, lo quiero todo, VirtualBox que funcione correctamente, Compiz con mis efectos preferidos y Cairo-Dock que me esta gustando bastante.
Al final la solución ha sido crear un lanzador en el escritorio para el VirtualBox y como comando:

env XLIB_SKIP_ARGB_VISUALS=1 VirtualBox

También puede usarse en una terminal o linea de comandos.
Esto lanza el VirtualBox SIN la molesta transparencia.
Espero que sirva a alguien, a mi me ha funcionado.